香菇菌棒在實際裝袋操作時，還必須要注意幾點：
，食用菌裝袋機的筒口應經常檢查，確保沒有缺口或刺狀突起，以免裝袋時刺破筒袋。
第二，裝袋要松緊適宜，裝料后的料棒，五指抓起時要有木棒狀硬度感，以中等用力不凹陷為宜。如果手抓料棒有凹陷感，或兩頭略重有料袋斷裂痕跡，表明裝料過松。裝料太松，料棒搬運時，會使筒袋與料脫空，接種時會引起穴口薄膜上下震動，造成接種孔附近的薄膜內外氣壓差，雜菌孢子可隨氣流進入穴內，引起污染（成片花塊狀、綠霉塊隨料表面生長，就由于裝袋松引起）。此外，裝料過松的菌棒發菌期搬袋翻堆時易遭綠霉污染，袋內料易斷層，影響菌絲正常生長，使出菇期菇木水分保持困難，且常因料內空隙多而造成菌絲徒長，營養損耗大， 頭潮菇朵數多，質量差，后期菇木也易折斷或感染霉菌。因此， 在確保筒袋不破裂的情況下春栽模式的料棒盡量裝緊。
第三， 袋口要清理干凈并扎緊，扎口時用手將料壓實，并清除粘附在袋口的培養料，先緊貼培養料用塑料線把袋口扎緊，再把袋口薄膜反扎過來扎緊，要求密封不漏氣，否則扎口處在發菌期易遭鏈孢霉和毛霉菌的污染。
第四，輕取輕放，裝料和搬運過程均要輕取輕放，不可硬拉亂摔，以免破裂；同時裝料場地和搬運用的拖拉機或板車的車板上，需鋪放麻袋或薄膜，防止料棒被刺破。
