裝料制袋一般用自動裝袋機，該機套筒為不銹鋼，筒徑可調，設有微電腦控制系統，離合器，紅外感應開關。將抖好的培養料裝進料斗后，用一端開口的塑料袋套在套筒上，觸控紅外開關，裝袋機自動將培養料裝入袋內。裝好的袋呈長筒形，用干毛巾刷清袋口和外壁上的培養料，用鋁卡式自動扎口機扎封，裝袋口培養料清刷干凈，有利于防止雜菌由此入侵。
日產10000筒以下的栽培者，只需一臺裝袋機，配備3-4人操作。勞力可作如下安排：一人鏟料上機，一人遞袋，一人裝袋，一人扎袋口。操作中應輕拿輕放，不拖不磨，避免人為損壞菌袋。制袋10000筒，一臺裝袋機，3-4人操作通常8小時即可完成。
香菇裝料時，盡量把培養料裝緊，60厘米首袋裝入60%含水量的木屑培養基，裝料成為43厘米左右長度的菌筒，重量在1.9-2.0千克。菌筒的培養料若裝得太松，菌筒容易斷裂，在打穴接種時，容易因空氣進出量增加而增加污染機會，菌絲在透后，菌筒收縮嚴重，培養料與塑料膜間隙加大，造成菌絲徒長，菌膜加厚。
裝料后的菌筒，應當以五指抓起有硬度感，中等用力不會凹陷為宜。如手提料筒有凹陷感，或兩端下垂，培養料出現斷裂痕跡，說明裝料太松，這時需要調切自動裝袋機的松緊傳感器。
