長、短菌齡的香菇菌種在菌絲外觀上并無法區分。長菌齡香菇菌種大都是從段木栽培菌種馴化而來的，菌絲的生理成熟較慢，營養生長階段較長；在木屑培養基中生長，木屑變色較慢，表面菌絲氧化轉色過程較慢，轉色時間較長；菌絲生化測定，多酚化酶和脂同工酶的譜帶較弱；出菇階段培養質含水量和空氣相對濕度可容許在較低的范圍內，子實體生長發育的速度較慢，菌蓋的菌肉普遍較厚，烘烤的折干率較高。
短菌齡香菇菌種大都是溫型較高，菌絲的生理成熟較快，營養生長階段較長；在木屑培養基中生長，木屑變色較快，表面菌絲氧化轉色過程較快，轉色時間階段基質含水量空氣相對濕度需要在較高的范圍內，子實體生長發育的速度較快，菌蓋的菌肉普遍較薄，烘烤的折干率較低。
