農村污水處理設備和常見的工業污水處理不同，因為涉及到使用人口數量、污水成分的復雜性等多個方面，導致農村用的污水處理設備目前有幾個核心問題有待提高。具體如下：
由于農村居民點較為分散，建設大型污水處理能力需要敷設較長的管網，投資巨大，經濟性較差。因此農村污水處理站點往往設置在村鎮的人口聚居區附近。一個縣往往有數十個人口聚居區，因此單個污水處理能力的處理規模較小，往往在數十噸/日至500噸/日之間。由于單個污水處理站服務的人口少，因此其污水收集量往往不穩定。
由于單個農村污水處理站點的污水量較少，因此其濃度經常發生變動。農村污水中，養殖廢水因其氨氮含量高，其處理難度。在日均污水量較低的農村污水處理站，養殖場的一次清洗即可使污水中氨氮濃度大幅提高，對污水處理站點系統造成重大沖擊。
農村地區，技術人才、尤其是污水處理站點專業技術人才較為缺乏。
有別于我們此前對農村污水處理的認識，在調研中我們觀察到在某些地方，由于農村聚居區附近的土地大部分已承包給村民，因此工程方往往需要平整荒地方可建設污水處理站，這給污水處理站的用地造成限制。
農村單個污水處理站點規模較小，平均每個站點服務的人口在3000-4000人左右，給每個站點配置一名以上工作人員是不經濟的。不少農村污水處理運營單位采取遠程監控的方法來保證每個站點的正常運營，以確保降低維護成本。
由于農村對污染物的自凈能力較強，因此對處理效果要求較低，非環境敏感地區大部分執行一級B標準。出于成本的考慮，在污水處理出水的監測方面，也以按期取樣監測為主，一般不安裝在線監測儀表。
