在微生物學中，藥物產品可分為兩組，無菌和非無菌，集菌儀原理在非無菌藥物必須滿足包含適當的微生物純度標準，制造藥物，必須符合其預期用途，符合市場的要求，不會因安全性，質量或功效不足而使患者處于危險之中，為了達到質量目標，有必要檢驗藥品的所有階段，涵蓋所有事項，這些事項單獨或共同影響產品的質量，包括原材料，制造過程和集菌儀檢驗。智能集菌儀使用的方法和獲得的結果應符合相應的規范和標準，對原材料和成品進行的測試，涉及總需氧微生物計數和總酵母和霉菌計數的微生物計數測試，以及對特定微生物的測試，，銅綠假單胞菌，大腸埃希氏菌，沙門氏菌屬，白色念珠菌。
鑒于微生物污染可以減少甚至消除藥物的治療效果，或引起藥物誘導的感染，集菌儀原理檢驗微生物生長是非常重要的，藥物中存在的微生物不僅從感染的角度來看是危險的，此外還可能改變藥物的化學，物理和感官特性，改變活性成分的含量，微生物可以將藥物轉化為有毒物質，甚至低水平的病原微生物，即使在主要污染物死亡后仍然存在，可導致產品無效。不僅引起不良細菌感染微生物的存在是有害的，而且代謝物毒素的存在可能導致不良癥狀，即使被少量包含，這些毒素相關疾病中的一些包括腹瀉，急性胃腸炎或腹痛。癥狀從輕度到死亡，取決于個體對毒素的敏感性，攝入毒素的量和受害者的一般健康狀況。
在藥物制造過程中使用集菌儀檢驗微生物生長，微生物生長是生長過程中產生有毒成分的風險，而且還可能損害藥物的化學和藥理學性質，特別是微生物蛋白酶可以分解生物產品中的蛋白質，制造，檢測和儲存設施不應有微生物生長，這可能是原材料，中間產品的污染源，制造和集菌儀原理設備應具有受控訪問，并具有檢驗或防止微生物進入設施的程序，將檢驗微生物毒素的風險，并確保藥物免受微生物降解的穩定性，強大的集菌儀檢驗是無菌藥品制造過程所需的重要組成部分。
