正確使用分液漏斗振蕩器需要掌握時間和靈活性，還應該認識到分液漏斗振蕩器目的是將多個液體混合物分層，在分層過程中會產生壓力，而壓力來自固有蒸氣壓，這些基礎知識也是操作的重點，那么使用分液漏斗振蕩器的方法有哪些？
首先，從有機溶劑中的有機反應混合物開始，關閉旋塞閥，通過頂部的塞子開口添加有機液體，然后加入水溶液，如果希望能產生預計的化學反應就一定要緩慢添加水溶液。如果發生氣體逸出，則需要分液漏斗振蕩器將速度降到，緩慢旋轉分液漏斗內的混合物，直到大部分氣泡停止，接著是最困難的操作，將塞子放在頂部的開口處，然后取下分液漏斗，用拇指和食指放在旋塞手柄上，分液漏斗萃取器用一只手握住燒瓶底部，用另一只手抓住塞子的頭部，在一個動作中，翻轉分液漏斗并在活塞上升到液體表面之上時打開活塞，這是可以聽到嗖嗖的氣壓逃逸聲。
這個過程有幾個挑戰，如果塞子沒有足夠緊，液體的將從塞子開口泄漏，如果過早打開旋塞閥，液體也會從該開口泄漏，如果整個過程沒有快速完成，當倒置漏斗時，壓力會使塞子被擠出。此時，需要充分混合液體以方便提取，必須關閉旋塞并通過分液漏斗振蕩器加速來搖動混合物，此過程會產生更多的壓力，需要定時停止和排氣。
如何需要分層可以將分液漏斗放回環形支架中，混合物應該會地洞分開，如果沒有，或者分液漏斗萃取器只是部分分開，這時會形成一種乳液，這種混合物不容易分層，可以將混合物放置5-10分鐘即可分離，如果依然失敗，用玻璃棒攪動漏斗的側面，另外，可能存在乳液膜，防止溶液球聚結，也可以加入少量飽和氯化鈉，離子強度的變化能將水吸入鹽溶液中，加入少量有機溶劑稀釋有機產物，也可以降低表面張力，在困難的情況下，可以使用多種技術組合使用。如何分層成功，可以取下塞子，放在干凈的紙巾上，一旦將不需要液體清除后，將身下的液體倒入合適的容器中。
分液漏斗振蕩器將混合物分開，可以在添加幾滴水，疑問水能與水層混溶，而無法與有機層混溶。注意，氯化有機溶劑比水密，其他有機溶劑也可能比水輕，此外，水溶液的密度也受鹽或有機化合物溶解的影響。
