清潔分液漏斗振蕩器是每個實驗室必須完成的，如果使用臟設備，所執行的工作可能會產生錯誤的實驗結果，在正常情況下，分液漏斗振蕩器必須是物理和化學清潔的，甚至必須是消毒殺菌，所有分液漏斗必須無油脂，的清潔標準是用蒸餾水，這在用于測量液體體積的分液漏斗中尤為重要，那么如何對分液漏斗垂直振蕩器進行清潔？
使用完成后，需要盡快清洗實驗室器皿，如果沒有立即清潔，可能時間長了就無法清除殘留物，如果沒有立即清潔，則需要將分液漏斗浸泡在水中，此外新分液漏斗的反應都是微堿性的，對于精密化學測試，新的分液漏斗應在酸性水中浸泡數小時，然后進行常規洗滌，建議使用帶木質或塑料手柄的刷子，不會劃傷或磨損分液漏斗的表面。
在洗滌時可用肥皂和洗滌劑，水應該加熱，對于特別臟的分液漏斗，需要選擇具有輕微研磨作用的清潔粉，在洗滌過程中，分液漏斗的所有部分都應該用刷子擦洗，必須有一整套刷子，包括適用于不同劑量的分液漏斗，當清洗大量管或瓶時，分液漏斗振蕩器也能起到作用，但不能使用磨損嚴重的清潔刷，以免撞擊玻璃，也可能會導致嚴重劃痕，受到劃痕的分液漏斗在實驗過程中更容易破裂，在清除洗滌劑之前，不要與酸性物質接觸，如果發生這種情況，可能會在表面形成一層油脂。
如果分液漏斗變得過度混濁，變臟，以及含有凝結的有機物質，則必須使用鉻酸清潔溶液進行清潔，鉻酸清潔溶液應該小心處理，它是一種強大的腐蝕性和致癌物質，
當使用鉻酸溶液時，可以填充分液漏斗，再放置一段時間，時間長短取決于分液漏斗上的污染量，相對干凈的分液漏斗振蕩器可能只需要幾分鐘，如果存在碎屑，例如，可能需要一整晚的時間，由于鉻酸溶液具有強烈的腐蝕作用，的作法是將處理的分液漏斗放入平板玻璃盤中，與使用的鉻酸濃度相容，必須格外小心，確保妥善處理鉻酸溶液。特殊類型的沉淀物可能需要用硝酸，王水或發煙硫酸除去，這些是非常腐蝕性的物質，只應在需要時使用。
