使用反滲透設備時，難免會出現結垢的現象，很難清理，還影響制水效果。到底是什么原因引起的水垢呢？
原水在經過反滲透膜時，難溶性的鹽類會停留在膜表面，成固體沉淀析出。保障難溶性鹽類不超過飽和界限可有效防止結垢。結垢不僅會在膜表面發生，有時甚至在系統的管路內部也會發生。
在反滲透系統中析出的垢主要是無機成分，以碳酸鈣為主。當水呈堿性時，就會形成包括在內的各種難溶解氫氧化物。在天然的水源中存有的主要難溶性鹽類主要有：碳酸鈣(CaCO3)、BaSO4)、硫酸鈣(CaSO4)、氟化鈣(CaF2)、硫酸鍶(SrSO4)和二氧化硅(SiO2)。
在反滲透系統設計的時候特別有必要注意的是鋇和鍶。鋇一般只存在于天然的水中，在井水中的鋇濃度在0.05 -0.2 mg/L 之間，鋇的檢出級別是1 μg/L。原水中鋇的臨界濃度在海水中是15 μg/L 以下，苦咸水中是5 μg/L 以下。當在原水中投加硫酸時，需注意在控制給水中鋇的濃度在2 μg/L 以下。鍶的分析必須檢測到1 mg/L 數量級。硫酸根濃度的增加以及水溫的降低，會導致硫酸鍶的溶解度下降。通常井水中的鍶含量在15 mg/L 以下。
此外，一些天然水體中含量不高的無機物由于人為原因（如：加藥等）會被帶入給水中，例如：磷酸根、鐵和鋁，這些無機鹽往往溶度積很低，極易發生結垢，因此當系統投加藥劑（包括：絮凝劑、助凝劑、阻垢劑、酸和堿）等時，必須注意這些人為引入的離子成分的影響。有時甚至會出現投加的不同藥劑發生相互作用導致難溶物質析出，進而污染膜元件的情況。因此在投加多種藥劑時，應該注意這些藥劑的成分，有條件的好通過試驗確認它們的兼容性。
為了更好的保護設備，延長使用年限，可預先對原水進行預處理，經活性炭或者石英砂過濾可濾去大顆粒雜質，再經過離子交換樹脂軟化，去除水中的鈣鎂等離子，就可避免結垢。
