20種蛋白質氨基酸在結構上的差別取決于側鏈基團R的不同。通常根據R基團的化學結構或性質將20種氨基酸進行分類
根據側鏈基團的極性
1、非極性氨基酸（疏水氨基酸）8種
（Ala）（Val）（Leu）異（Ile）（Pro）苯（Phe） （Trp）蛋氨酸（Met）
2、極性氨基酸（親水氨基酸）：
1）極性不帶電荷：7種 （Gly）（Ser）（Thr）半（Cys） （Tyr）天冬酰胺（Asn）（Gln）
2）極性帶正電荷的氨基酸（堿性氨基酸） 3種 賴氨酸（Lys）（Arg）（His）
3）極性帶負電荷的氨基酸（酸性氨基酸） 2種 天冬氨酸（Asp）（Glu）
根據氨基酸分子的化學結構
1、 脂肪族氨基酸：
丙、纈、亮、異亮、蛋、天冬、谷、賴、精、甘、絲、蘇、半胱、天冬酰胺、
2、 芳香族氨基酸：苯、
3、 雜環族氨基酸：、
4、 雜環亞氨基酸：
