顯微鏡作為一種精密的檢測儀器，如果有灰塵進入內部，那么將會影響最終的觀察結果。所以防潮防塵將是一件重要的工作，對光學部件的清潔也是重要的一環。對精密光學器件的清潔有可能降低器件的性能，不適當或不必要的清潔容易破壞器件的表面鍍膜。正確取放器件并將器件保存在專用容器中，將限度地減少清潔次數和器件被損壞的可能，下面推薦清潔顯微鏡的10個步驟：
1、用清潔空氣吹掉表面浮塵。如果不能吹干凈，取兩張鏡頭紙裹在棉簽上或將鏡頭紙折疊使之比要清潔的面積稍大。
2、擦拭光學零件表面時，首先應用石油醚將毛砂面和框擦干凈。
3、擦拭圓形零件時，棉花球應從中心向邊緣作螺旋線移動，同時棉花球本身也應轉動，并順勢將棉球從鏡片表面移出，不要在鏡片邊緣停留，以免留下印跡，如果利用回轉器擦拭，則擦拭時，棉球應由中心向邊緣作直線移動，棉球本身同時轉動（棉球的自轉量應略小于一周為宜）。
4、擦拭棱鏡時，可將棉球橫放于被擦拭的表面，以直線形式進行擦拭。
5、應在相對清潔的房間內擦拭，并用脫脂長絨棉擦拭，棉球上所含的清洗液不宜過多，擦拭時應在分劃板刻線的交叉方向移動擦拭，以免將刻線內的填料層擦掉。
6、在擦拭膠合光學零件時，棉球蘸混合液不應過多，以免溶劑侵入膠合層引起脫膠。
7、鍍鋁加保護膜的反射零件，如果保護膜比較牢，可用蘸少許混合液的棉球或仔細脫脂的砂布擦拭。
8、棉球應卷好，卷棉球的竹棍頭部不應外露，以免劃傷零件。棉球的大小和形狀應隨零件的大小和種類不同，一般是圓形零件用圓柱形棉球，平面零件用扁平形棉球，除鍍膜表面（特別是反射鎂）用松軟的棉球外，其余情況下應把棉球卷緊。
9、蘸混合劑的棉球侵入溶劑內時請不要超過三分之一的棉球長度。
注意：
·擦拭前，操作人員應用洗滌液仔細清洗雙手，并用脫脂過的毛巾擦干。
·操作人員應將室內的一切用具擦拭清潔，有關與光學零件接觸的工具、夾具，應進行脫脂。
·一個棉球只能用來擦拭一遍，用過的棉球，請不要蘸溶劑重復使用。
·清潔光學器件之前，請去掉手上的戒指及其他飾物，仔細清洗手部并戴上手套。
·工作中，如手出汗或接觸油脂后，需按照要求重新清洗雙手。
·擦拭光學零件，如必須用手拿光學零件的拋光面，請對戴著的手套進行脫脂處理。
·擦拭帶框的光學零件時，應注意不使污垢附著在靠框的周圍或框上掛有纖維，不帶框的光學零件應不使污垢附著在毛砂面上。
其實治病不如防病。所以每次使用完了以后用防塵罩蓋好。搽拭肯定還是會對光學部件有所損傷的。
