CCD在顯微鏡應用中的作用主要是將顯微鏡下觀察到的圖像進行清晰準確的拍攝，同時通過傳輸，迅速將圖像輸出到圖像處理軟件，以保障圖像可以用來分析與檢測。能不能清晰準確的獲取圖像，對于整個過程來說，是至關重要的，而決定這一切的就是科研級CCD。同時，決定CCD是否符合顯微鏡應用要求的因素包括清晰度、照度、失真度等等，下面，就擇幾個因素進行簡單的分析。
●清晰度。只要涉及到圖像的采集，清晰度是必然要考慮的因素之一。判別一個科學級CCD是否能夠滿足顯微鏡應用，需要在保持鏡頭不變的情況下，采用專用測試卡進行測量，測量內容包括CCD的垂直清晰度與水平清晰度。在測試的過程中，可進行遠景物聚焦，也可以采取邊測試邊聚焦的方式，來對CCD進行分析。
●靈敏度。靈敏度是CCD的重要特性，也是決定能否在背景下獲取清晰圖像的關鍵因素。遠距離的觀察某個物體，觀察有無出現顏色失真現象，與色彩鮮明的其他物體對比，就可迅速判斷出科學級CCD的靈敏度了。另外，除了遠距離觀測外，還需要進行近距離的測試，例如可以拿一本彩色畫冊放在CCD前，觀察畫面勾勒的清晰度以及顏色失真情況。
●照度。一般情況下，顯微鏡應用中環境因素也是很重要的，因此照度也是測試科學級CCD的一個點。我們經常采用的是將CCD置于暗室，暗室前后安置220V的白熾燈，通過對室內光照的調節，觀察CCD的照度值，以此來判斷是否滿足顯微需求。
●失真度。這里主要指的是檢測科學級CCD會不會出現球形失真情況，將帶有球體的測試卡置于CCD前端，以使整個球體能夠出現在屏幕上，看圓形是否成橢圓。再將CCD前移，看圓中心有無放大。將CCD拉遠，看邊、角、框有無弧形失真等。
