在進行掃描電鏡觀察前，要對樣品作相應的處理。掃描電鏡樣品制備的主要要求是:盡可能使樣品的表面結構保存好，沒有變形和污染，樣品干燥并且有良好導電性能。
一、樣品的初步處理
(一) 取材
掃描電鏡來說，樣品可以稍大些，面積可達8mm×8mm，厚度可達5mm。對于
易卷曲的樣品如血管、胃腸道粘膜等，可固定在濾紙或卡片紙上，以充分暴露待觀察的組織表面。
(二) 樣品的清洗
用掃描電鏡觀察的部位常常是樣品的表面，即組織的游離面。由于樣品取自活體組織，其表面常有血液、組織液或粘液附著，這會遮蓋樣品的表面結構，影響觀察。因此，在樣品固定之前，要將這些附著物清洗干凈。
(三) 固定
固定所用的試劑和透射電鏡樣品制備相同，常用戊二醛及鋨酸雙固定。由于樣品體積較大，固定時間應適當延長。也可用快速冷凍固定。
(四) 脫水
樣品經漂洗后用逐級增高濃度的酒精或丙酮脫水，然后進入中間液，一般用醋酸異戊酯作中間液。
二、樣品的干燥
掃描電鏡觀察樣品要求在高真空中進行。無論是水或脫水溶液，在高真空中都會產生劇烈地汽化，不僅影響真空度、污染樣品，還會破壞樣品的微細結構。因此，樣品在用電鏡觀察之前必須進行干燥。
三、樣品的導電處理
生物樣品經過脫水、干燥處理后，其表面不帶電，導電性能也差。用掃描電鏡觀察時，當入射電子束打到樣品上，會在樣品表面產生電荷的積累，形成充電和放電效應，影響對圖象的觀察和拍照記錄。因此在觀察之前要進行導電處理，使樣品表面導電。
