在進行氧含量分析尤其是微量氧分析時，由于空氣中氧含量高達21％O2，故而如果處理不當極易造成對樣品的污染和干擾，出現分析結果數據不正確。其主要原因是氧氣微氧分析儀操作不當造成。以下幾點影響氧氣微氧分析儀測定的因素。
1．泄漏。氧氣微氧分析儀在初次啟用前必須嚴格檢漏。氧氣微氧分析儀只有在嚴密不漏的前提下才能獲得準確的數據結果。任何連接點，焊點，閥門等處的不嚴密，將會導致空氣中的氧反滲進入管道及氧分析儀內部，從而得出含氧量偏高的結果。
2．污染。在重新使用氧氣微氧分析儀時，首先須注意在連接氧分析儀的取樣管路時是否漏入空氣，并且必須認真將漏入氧氣微氧分析儀的空氣吹除干凈，盡量不使大量氧氣通過氧氣微氧分析儀的傳感器以延長傳感器壽命。在管道系統凈化過程中，為縮短凈化時間，需要有一定的方法，一般使用高壓放氣及小流量吹除交替進行可迅速凈化氧氣微氧分析儀管道。
3．管道材質的選擇。氧氣微氧分析儀管道材質及表面粗糙度也將影響樣氣中氧含量的變化。一般不宜用塑料管，橡膠管等作為連接管路。氧氣微氧分析儀通常選用銅管或不銹鋼管，對超微量分析（指＜0.1ppm）則必須用拋光過的不銹鋼管。
4．氣路系統的簡化及潔凈。氧氣微氧分析儀微量分析要求必須有效排除氣路上的各種管件，閥門，表頭等中的死角對樣氣造成的污染。因此，應盡可能簡化氧氣微氧分析儀氣路系統，選用死角小的連接件等。并且，避免使用水封，油封及臘封等設備，防止溶解氧逸出造成污染，更需避免在樣氣引出至氧氣微氧分析儀進口的管線上增加易造成污染的凈化設備等。只有這樣才能保證系統潔凈，所得數據準確。
