瓶裝食品微波殺菌設備是將食品經微波能處理后使食品中的菌體、蟲菌等微生物喪失活力或死亡，保證食品在一定保存期內含菌量仍不超過食品衛生法所規定的允許范圍，從而延長其貨架期。細菌、成蟲與任何生物細胞一樣，是由水、蛋白質、碳水化合物、脂肪和無機物等復雜化合物構成的一種凝聚介質。
其中水是生物細胞的主要成份，含量在75-85%，因為細菌的各種生理活動都必須有水參與才能進行，而細菌的生長繁殖過程，對各種營養物的吸收是通過細胞膜質的擴散、滲透吸收作用來完成的。 在一定強度微波場的作用下，食品中的蟲類和菌體也會因分子極化馳豫，同時吸收微波能升溫。
由于它們是凝聚態介質，分子間的強作用力加劇了微波能向熱能的能態轉化。從而使體內蛋白質同時受到無極性熱運動和極性轉動兩方面的作用，使其空間結構變化或破壞而使其蛋白質變性。蛋白質變性后，其溶解度、粘度、膨脹性、滲透性、穩定性都會發生明顯變化，而失去生物活性。
另一方面，微波能的非熱效應在滅菌中起到了常規物理滅菌所沒有的特殊作用，也是造成細菌死亡原因之一。 微波殺菌、保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用；而非熱效應則使用微生物體內蛋白質和生理活性物質發生變異，而喪失活力或死亡。因此，微波殺菌溫度低于常規方法，一般情況下，常規方法殺菌溫度要120℃-130℃,時間約1小時，而微波殺菌溫度僅要70℃-90℃,時間約90-180秒。瓶裝食品微波滅菌設備可根據生產量、產品特征及生產工藝來設計制造。
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