磁扇電子轟擊質譜儀是分離和檢測不同同位素的儀器，磁扇電子轟擊質譜儀的應用范圍非常廣泛的，在很多領域當中都有一定的應用。用戶如果要使用磁扇電子轟擊質譜儀就要了解質譜儀的工作原理是什么：
磁扇電子轟擊質譜儀的工作原理是以電子轟擊或其他的方式使被測物質離子化，形成各種質荷比(m/e)的離子，然后利用電磁學原理使離子按不同的質荷比分離并測量各種離子的強度，從而確定被測物質的分子量和結構。
儀器的主要裝置放在真空中。將物質氣化、電離成離子束，經電壓加速和聚焦，然后通過磁場電場區，不同質量的離子受到磁場電場的偏轉不同，聚焦在不同的位置，從而獲得不同同位素的質量譜。質譜方法zui早于1913年由J.J.湯姆孫確定，以后經F.W.阿斯頓等人改進完善。現代質譜儀經過不斷改進，仍然利用電磁學原理，使離子束按荷質比分離。磁扇電子轟擊質譜儀的性能指標是它的分辨率，如果質譜儀恰能分辨質量m和m＋Δm，分辨率定義為m／Δm。現代質譜儀的分辨率達105～106量級，可測量原子質量到小數點后7位數字。
磁扇電子轟擊質譜儀zui重要的應用是分離同位素并測定它們的原子質量及相對豐度。測定原子質量的精度超過化學測量方法，大約2／3以上的原子的質量是用質譜方法測定的。由于質量和能量的當量關系，由此可得到有關核結構與核結合能的知識。對于可通過礦石中提取的放射性衰變產物元素的分析測量，可確定礦石的地質年代。質譜方法還可用于有機化學分析，特別是微量雜質分析，測量分子的分子量，為確定化合物的分子式和分子結構提供可靠的依據。由于化合物有著像指紋一樣的質譜，磁扇電子轟擊質譜儀在工業生產中也得到廣泛應用。
