有機肥的原料主要分為這幾類：糞便、動植物殘體（包括風化煤）、污泥、生活垃圾，一般來說，污泥制肥和生活垃圾制肥的市場價格是的，目前國家也正對這兩種原料進行限制使用，并在肥料登記證申辦時進行審核，并禁止污泥制肥，而糞便制肥和植物殘體制肥較受投資者青睞。
小規模的、半生產式的也就是灌裝的沒有原料的有機肥料生產企業占了系統有機肥料生產企業一半以上，一般都規模不大。一是他們有機肥的發酵和除臭工藝不夠健全技術支撐不夠，他們把生產商品有機肥等同于農民自制農家肥（技術指標經常達不到行業標準），只作簡單的堆漚，有的甚至是將幾種原料簡單的混配，就把未腐熟或未腐熟的有機肥賣給農民，沒有的生產設備，也沒有檢測，生產技術極其低下。
目前的有機肥標準中，關于有機肥的定義涉及到發酵腐熟這一個詞，但整個有機肥標準中卻沒有腐熟的鑒定標準，全憑企業主觀判定，留下一個真空地帶。例如，新鮮雞糞曬干就賣給種植戶，只要證件齊全，按有機肥料標準檢測也是合格的，但用了易出問題。腐熟就是有機肥生產中的重中之重，這里涉及到一系列的生產工藝和發酵菌種。
有些有機肥的使用效果確實不錯，而有些有機肥因為本身質量不過關和宣傳誤導，導致在種植過程中未能體現出來效果，個別還會出現減產燒苗等問題，這對農戶對是否值得繼續使用有機肥打上了一個大大的問號。
還有有不少肥料企業標明有機肥可以灑施追肥，但追肥不覆土，發揮不了肥料應有的作用。有些有機肥用到地里，還能發熱甚至發臭，有的惹來各種有害生物，有的直接導致作物萎蔫死亡，有的導致葉片黃化，有的剛拆開肥料袋就能聞到惡臭甚至未開袋就能在農資店聞到惡臭……這些問題，直接導致種植戶心寒。有機肥因使用量少、質量參差不齊，大部分很難起到應有的作用。
使用有機肥效果不佳的分析：
有機肥的使用出現效果不佳的原因很多，在此分兩大類（不包括病害這一類），類是生產企業的原因，第二類是使用方面原因。
類：企業生產控制方面的原因里面涉及到質量控制，在這里重點討論養分、pH、氯離子含量、含鹽量、陽離子交換量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金屬、有害微生物等因素，這些內容有很多并不出現在有機肥料行業標準里面，但卻不得不注意。
1. 養分。由于原材料本身養分低或發酵生產工藝原因，有些企業的有機肥發酵出來，其養分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批產品就這樣邁向了市場。有些企業檢測發現養分不夠，但也舍不得添加化肥補充，也使這些產品邁上了市場。無肥料登記證的企業所生產出來的產品，并不在市場上流通，一般是直接面向用戶，這一塊特別難以監管。
2. pH。原材料本身pH就各有不同，在發酵過程中，pH變化也較大，如果發酵過程控制不好，有可能發酵出來會發現pH在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產品會導致農作物生長受阻或死亡，而過堿的有機肥料，由于南方土壤普遍偏酸，危害反而不大。
3. 氯離子含量。一般沒有人會去檢測氯離子含量，但有些原料卻含有不少的氯離子，特別是在嚴重忌氯的作物上使用時，會出現嚴重問題。也有些廠家使用氯化銨這一類含氯化肥加入到有機肥中，以提高總養分中的氮，這也是導致氯離子含量增高，影響農作物的生長。
4. 含鹽量。肥料鹽份高，就好像把一包食鹽灑到有限的地里，作物很受影響。一般來說，生活污泥、廚余垃圾等原料的鹽份較高，不耐鹽的作物會出現黃葉、掉葉、萎蔫、死亡等現象。聶永豐認為，當堆肥EC值小于9.0ms/cm3時，對種子發芽沒有抑制作用。
5. 陽離子交換量。一般腐熟的有機肥，其陽離子交換量大，保肥肥力，緩沖能力強，對pH、鹽份有很好的緩沖作用，對于維持土壤的良好狀況有著很重要的作用。而沒有腐熟的有機肥甚至是曬干就賣的糞便，其陽離子交換量極低，起不到應有的緩沖效果，相反，還會危害土壤本身的緩沖效果，造成作物生長障礙。
6. 腐植酸。新鮮原料幾乎不含有腐植酸，腐植酸是在有機肥發酵生產過程中不斷產生的，以高溫發酵（大于50℃）尤為明顯。腐植酸與銨、鉀、鈉結合，具有刺激作物生長的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促產，促萌發，腐植酸更可因為其交換能力而增強土壤緩沖能力。
7. 小分子脂肪酸。Ciavatta，等認為低級脂肪酸對種子發芽和植物生長有不良影響。小分子脂肪酸易招引蒼蠅，這比較容易觀察出來，一般來說，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鮮雞糞等。其所帶來的危害是：小分子脂肪酸會抑制種子萌發，會抑制根系生長。
8. 重金屬。重金屬會在植物中積累，最終通過食物鏈集中到人身上，對人造成傷害。同時重金屬也會對農作物的生長造成損害。由于設備昂貴，大部分企業是沒有設備對重金屬進行檢測的，農資市場到現在才多見部門對重金屬進行檢測。
9. 有害微生物。堆肥溫度在50℃以上的時間不少于5天，可以殺死病原菌及蟲卵，達到無害化。但實際上很多廠家有機肥生產過程中，由于工藝水平原因，未能達50℃以上或達到了卻時間維持過短，大部分蛔蟲卵、大腸菌群等未能大部分殺滅，這就影響了作物健康生長。
第二類：有機肥使用效果不佳，與肥料銷售員的推廣誤導有關，也與用戶自身知識和習慣使用有關。優質的土壤要能為植物生長提供穩定、協調的水、肥、氣、熱根際環境條件，具有支持錨定植物、保持水分和透氣的作用，還具有緩沖作用，使根際環境保持相對穩定。優良的土壤在物理性質上，固、液、氣三相比例恰當，容重、總孔隙度、大小孔隙比都要較為適宜；化學性質上，陽離子交換量大，基質保肥性好，pH值接近中性， 并具有一定的緩沖能力， 具一定的C/N比以維持栽培過程中基質的生物穩定性。我們所生產出來的有機肥正是要向著這個目標去改良土壤。
第二類原因可以簡單歸為一句：使用方法不對。這里簡單介紹幾個不對的使用方法。
1. 追肥。用戶把有機肥當化肥來追肥，沒能及時蓋土，肥料只在土壤表面，不能與土壤充分進行接觸，不能起到改良土壤的效果，加上日曬雨淋，有益的微生物不能起作用，養分也會隨水流失，有機肥的緩沖能力、蔬松土壤、持水透氣、保溫保肥等等的功能也都體現不出來。
1，有機肥方式應當配合無機肥作為基肥使用，與土壤進行混合，但起碼（有機肥）也要做到不裸露在土壤表面，如溝施穴施等。
2. 有機肥與作物直接接觸。有些用戶擔心肥效不夠，或想盡快見效，在使用時把有機肥與作物直接接觸，這樣的后果是會導致燒苗嚴重會死顆！
3. 新鮮糞便直接使用。施用新鮮糞便不經過處理，里面的蟲卵、重金屬等有害物質會帶到土壤危害土壤作物健康，此外生糞到地以后，隨著低溫升高達到發酵條件以后就會產生熱量容易導致燒根燒苗。
有機肥的施用及注意事項
一、要在足夠的墑情和適宜的溫度下施用。無論在何種土壤上施用，都要有充足的墑情促其迅速分解轉化。
二、為了使肥料體現長效與速效的持續效應，凡是施用有機肥的大田，每畝施用有機肥的量要足，但也不宜過多，以免燒苗；具體用量根據產品含量和作物需肥時期特性來定。
三、做基肥使用時用量亦不能過多，特別是蔬菜大棚的更不能超量施用；注意蔬菜大棚用有機肥一定注意含氮量，目前市場一般有機肥總養分有5-有機質45,10-45，12-45，蔬菜大棚教適用于5-45有機肥含量的。
四、土壤墑情不足時，施用后要及時抗旱調墑
注：根據土壤和地方氣候及習慣不同，施肥量有所不同，應當根據當地土壤實際情況確定施肥的量。
另外經銷商在選購經銷產品時不要一味追求！目前由于有機肥的效果轉化比較慢，部分經銷商明知個別產品不是很靠譜但還是選擇經營，
原因分析有二點：一是因為價格低。二是因為有機肥作用主要是改善土壤問題，眼下一般都配著無機肥施用，好壞產品在短期內并看不出明顯對比。這就導致一些正規大廠家的產品難以被用戶及時認可。
結語：為了有機肥產業能夠良性發展，讓產品以的速度到用戶手里，讓農民朋友真正受益：我們呼吁有機肥料生產單位要加強自身素養和技術，做出優于國家標準的肥料，真正有益于作物和土壤的有機肥料，要主動完善各方面實際上的不足，而不是為了利益不顧用戶的感受。
