1）流動池內有氣泡
如果有氣泡連續不斷地通過流動池，將使噪音增大，如果氣泡較大，則會在基線上出現許多線狀“峰”，這是由于系統內有氣泡，需要對流動相進行除氣，檢查整個液相色譜儀系統是否漏氣，再加大流量驅除系統內的氣泡。如果氣泡停留在流動池內，也可能使噪音增大，可采用突然增大流量的辦法除去氣泡（不連接色譜柱）；或者啟動的同時，用手指緊壓流動池出口，使池內增壓，然后放開。可反復操作數次，但要注意不使壓力增加太多，以免流動池破裂。
2）流動池被污染
無論參比池或樣品池被污染，都可能產生噪音或基線漂移。可以使用適當溶劑清洗檢測池，要注意溶劑的互溶性；如果污染嚴重，就需要依次采用1mol/L硝酸、水和新鮮溶劑沖洗，或者取出池體進行清洗、更換窗口。
3）光源燈出現故障
紫外或熒光檢測器的光源燈使用到極限或者不能正常工作時，可能產生嚴重噪音，基線漂移，出現平頭峰等異常峰，甚至使基線不有回零。這時需要更換光源燈。
4）倒峰
出現倒峰的原因還可能是液相色譜儀檢測器的極性接反了，改正后即可變成正峰。用示差折光檢測器時，如果組分的折光指數低于流動相的折光指數，也會出現倒峰，這就需要選擇合適的流動相。如果流動相中含有紫外吸收的雜質，使用紫外檢測器時，無吸收的組分就會產生倒峰，因此必須用高純度的溶劑作流動相。在死時間附近的尖銳峰往往是由于進樣時的壓力變化，或者由于樣品溶劑與流動相不同所引起的。
