一些參數會影響洗滌步驟的效果。這些參數包括吸液高度和吸入位置，這兩者都能調整，以降低背景（殘留量）和差異。
殘留液體中包含未結合的抗原或抗體，它們會增加背景信號。殘留量越小，殘留液體越少，轉移到下一步的干擾液體也就越少。
吸液高度會明顯影響殘留量；如果洗滌吸頭與反應孔底部的距離稍大，那就會讓殘留量急劇增加。反之，如果洗滌吸頭壓著反應孔底部，那么也會使吸液效率降低，殘留量增加。
目前的洗板機一般使用兩種類型的洗頭：剛性和浮動。浮動洗頭中的吸頭可在洗滌過程中自由上下移動，而剛性洗頭則固定在適當的位置。使用剛性洗頭的洗滌操作在優化起來更為復雜，因為你需要非常仔細地調整吸液高度。如果你們實驗室使用幾種不同的板，那可能會很耗時。在使用浮動洗頭時，吸頭會降到反應孔的底部。調整高度就不是很重要，因此洗頭會下降到底部。
抽吸的位置也對殘留量有著重要影響；如果每個孔只使用一個抽吸點（這很常見，因為更快），那么抽吸的位置需要優化。*佳的位置取決于洗頭的性狀，但它幾乎不在反應孔的中間，即使這是所有洗頭*常見的默認位置。一般來說，*佳位置在孔中間與孔壁之間的某處。反應孔的形狀也會影響殘留量。C形底（平底圓角）的微孔板一般會比那些平底尖角的微孔板殘留量更低。
如果沒有自動洗板機，采用手工洗滌，那么也需要注意幾點。使用8道或12道微量移液器，采用倒吸的方法進行洗滌；不同廠家的洗液不宜相互混用。洗板時需保證微孔板平放，將洗滌液注滿各孔，但盡量避免漏液，以每孔300 µl為宜；板洗次數一般為3次，要保證洗板的浸泡時間，每次浸泡時間一般為30-60 秒；盡量減少洗液殘留量，推薦每次洗板后進行拍板，并及時更換吸水紙，避免吸水紙的碎屑粘到反應孔內。
