在海水中存在很多浮游生物和懸浮物，所以在水處理過程中如果直接從海水表層取水，這些由浮游生物和懸浮物組成的雜質易給水的預處理帶來困難。相對來說比較理想的引水體系是在海岸附近鉆井，從海水井中取水。通過地下地層過濾，海水已得到了很好的機械凈化。從海水井得到的進水懸浮物和有機物含量相對較少，溶解氧濃度低（溶解氧會使膜受到損傷，并增加設備的腐蝕），因為海水井中的水生物活性低，季節變化對水溫的影響小。這樣就大大減少了對預處理的要求。
海水反滲透（RO）除鹽進水的雜質所引起的問題及預處理方法綜合列于下表中。
用于海水及苦咸水除鹽的預處理方法
①SHMP為六聚偏磷酸鈉；
②間歇式加入是指每8H以5～10mg/L濃度投氯15min，連續加入是指連續投入氯，使進水中氯濃度保持0.5～2mg/L；
③在大多數情況下加入CuSO4·5H2O<0.5mg/L就夠了；
④余氯濃度為1mg/L，投加1.5～6mg/L亞硫酸氯鈉與之反應。近年用微濾（MF）、超濾（UF）作為RO除鹽進水預處理的研究和應用已有很多案例，以MF作為海水淡化的預處理與常規表面水處理相比，在經濟上具有很強的競爭能力。
