在儀器應用的過程中，氣體在線分析儀影響因素種類較多且變化較復雜，而要想有效地控制這些影響因素及排除干擾測定的因素則困難比較大。例如微量氧的測定，不但要嚴格控制系統材質和密封，而且系統的潔凈等諸多因素也必須逐一解決好，否則，氧成分分析不會得到正確的測定結果。而對于氣體中微量水含量的測定，除了考慮以上提到的各種影響因素外，還必須考慮到樣氣中的水在管道內的吸附平衡題目，而這一題目的妥善處理必須依靠反復試驗，了解其變化情況和規律，把握其中的操縱技術，以便得到正確無誤的結果。當然，使用氣相色譜儀測定高純氣體中ppm-ppb級雜質成分含量要考慮和控制的影響因素就更加復雜了。
氣體成分在管道及設備中活動時發生的微觀變化是復雜的、多變的。在常量氣體成分分析時可以忽略的諸多影響因素，在微量氣體成分分析時不僅不能忽略，反而必須認真對待，此時，氣體在線分析儀這些因素已經成為影響微量氣體成分分析正確結果的主要矛盾，必須逐一排除和解決才能使微量氣體分析儀器工作順利完成。這些影響因素主要包括以下幾個方面：
1、取樣管路內氣體多次的反復混合;
2、管壁與氣體成分的物理化學作用;
3、管路材質;
4、管路連接方式;
5、管路潔凈程度
