超純水設備在現場施工時，施工區域要相對干凈。超純水設備整段管架一定要保持水平，以免管道與共架接觸部位由于應力不均勻引起管道彎曲破損。水站的管道施工除CDA、氮氣及熱交換器用的蒸汽或冷熱水管道可以按系統進行施工外，其他站內管道施工可分為兩大部分，即共架管道施工和超純水設備周邊配管施工。開工初期兩部分可以同時進行施工。當共架直管段與本體配管完成之后，應該從設備周邊管道向共架管道進行連接配置，最終與共架管道相連形成封閉的管路系統。超純水系統管道施工與其他一般動力管道施工有很大區別，它除了要保證管道系統的密閉性外，還有更加重要的一點，就是要在施工過程中一定要保證管道的潔凈。
超純水設備粘接施工時禁止在地面上進行，應在加工平臺上進行粘接操作。施工時一定要戴上專用潔凈一次性手套，施工過程中禁止徒手接觸管道的內壁。管道在插入時使用緊線器，并劃線以確認插入的深度是否足夠。法蘭間密封材料應用PTFE。堆放場所需要墊上彩條布或塑料薄膜對管道進行保護。共架與土建結構連接處一定要堅固，采用預埋鐵板。若因種種原因不能預埋，則應用化學鉚栓固定在梁上，不應使用一般的簡易膨脹螺栓。切不可用鐵板和簡易膨脹螺栓固定在樓板上。
