紫外線殺菌器的殺菌原理是利用紫外線燈管輻照強度，即紫外線殺菌燈所發出之輻照強度，與被照消毒物的距離成反比。當輻照強度一定時，被照消毒物停留時間愈久，離殺菌燈管愈近，其殺菌效果愈好，反之愈差。紫外線是一種肉眼看不見的光波，存在于光譜紫射線端的外側，故稱紫外線。紫外線系來自太陽輻射電磁波之一，是物質運行的一種特殊形式，是一粒粒不連接的粒子流。每一粒波長253.7nm的紫外線光子具有4.9eV的能量。當紫外線照射到微生物時，便發生能量的傳遞和積累，積累結果造成微生物的滅活，從而達到消毒的目的。當細菌、病毒吸收超過3600~65000uW/c㎡劑量時，對細菌、病毒的去氧核醣核酸（DNA）及核醣核酸（RNA）具有強大破壞力，能使細菌、病毒喪失生存力及繁殖力進而消滅細菌、病毒，達到消毒滅菌成效。紫外線一方面可使核酸突變、阻礙其復制、轉錄及蛋白質的合成；另一方面，產生自由基可引起光電離，從而導致細胞的死亡。
紫外線殺菌器使用條件：
（1） 水溫：5℃~50℃；運用環境溫度：-5℃~50℃；周圍相對濕度：不大于93%（溫度25℃時）
（2） 電壓：交流電220V±10V，50Hz。
（3） 飲用水：進入處理設備的水質其1cm的透射率（T254）：95%~99%；在原水質低于國家飲用水標準時（如：色度高于15度、濁度高于5度、含鐵量高于0.3毫克/升），先選用其他凈化和過濾等辦法，使其凈化合格后用紫外C水質處理設備凈化。
（4） 飼養用水：通過砂濾或其它處理過濾后的淡水、海水。
（5） 污水：依據滅菌要求，進入處理設備的水質其1cm的透射率（T254）：≥40%；其它要求滿足國家《污水綜合排放標準》GB8978-1996中的二級標準。
（6） 需求處理的水，如水質不能到達上述要求，應先通過適當的前處理，如絮凝、沉積、過濾等辦法，以除掉水中各種雜質。
