1. 可用作yi藥、農(nóng)藥、染料及其他有機(jī)合成中間體。可用來合成2-氨基嘧啶、2-氨基-6-甲基嘧啶、2-氨基-4,6-二甲基嘧啶，是制造、磺胺甲基嘧啶、等磺胺藥物的中間體。
2. 鹽酸胍（或硝酸胍）與氰乙酸乙酯反應(yīng)，環(huán)合為2,4-二氨基-6-羥基嘧啶，用于合成抗貧血藥。還可用作合成纖維的防靜電劑。
3. 也可用于蛋白質(zhì)變性劑。
4. 作為提取細(xì)胞總RNA實(shí)驗(yàn)中的強(qiáng)烈變性劑。鹽酸胍溶液可溶解蛋白質(zhì)，導(dǎo)致細(xì)胞結(jié)構(gòu)破壞，核蛋白二級結(jié)構(gòu)破壞，從核酸上解離下來，此外，RNA酶可被鹽酸胍等還原劑滅活。
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