GMP凈化車間就是指符合GMP質量安全管理體系要求的車間。
車間，凈化廠房墻、頂板材一般多采用50mm厚的夾芯彩鋼板制造，其特點為美觀、剛性強。圓弧墻角、門、窗框等一般采用專用氧化鋁型材制造。
GMP凈化車間為了防止交叉感染，清掃凈化車間設施的工具均應按產品特點、工藝要求、空氣潔凈度級別的不同分別專用，垃圾裝入防塵袋中拿出。車間的清掃必須在上下班前、生產工藝操作結束后進行；清掃要在凈化車間空調系統運行中進行；清掃工作結束后，凈化空調系統要繼續運行，直到恢復規定的潔凈級別為止，開機運行時間一般不短于該車間的自凈時間。使用的消毒劑要定期更換，以防止微生物產生耐藥性。大的物件搬進車間時，先要在一般環境中用吸塵器進行初步的吸塵凈化，然后再準進入凈化車間內，用潔凈室真空吸塵器或擦拭方法進一步處理；在車間凈化系統停止運行期間，不允許把大的物件搬進凈化車間。
為了更好的控制凈化車間不受污染，還有一種滅菌式傳遞窗。為了防止病菌帶入凈化車間內，傳遞窗中裝有紫外燈，開窗放入物件后，關窗并開紫外燈，照射至少30分鐘后再開窗取出。為彌補機械式傳遞窗會帶入污染空氣的缺陷，凈化車間除使用氣閘式傳遞窗外，還能采用封閉可取式。將要傳遞的物品放入潔凈盒中裝好，拿到封閉可取式傳遞窗的開關裝置上，按動電鈕，潔凈盒底板自行打開，物品落出，再被取入潔凈室。
層流傳遞窗是一種比較優秀的凈化車間輔助設備，主要用于不同等級不同壓力的凈化車間之間傳遞小物件的設備。這種傳遞窗，一方面起到氣閘的作用，不讓凈化車間中高壓被泄壓，另一方面在傳遞過程中實現自凈效果，以確保進入潔凈區的物品的潔凈度，減少物件傳遞帶來的交叉污染。
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